노르웨이에 있는 할머니의 집에 가다가 교통사고로 아빠와 엄마를 한꺼번에 잃은 소년은 할머니와 살게 된다. 왕년에 마녀전담반에서 활약했던 할머니는 소년이 마녀에게 잡아먹히지 않고 무사히 어른으로 성장하기를 바라는 마음에서 마녀에 관한 여러 가지 이야기를 해 준다. 마녀들에 의해 사라진 아이들, 마녀의 특징들, 마녀의 우두머리인 여왕 마녀에 관한 이야기, 마녀들이 1년에 한 번씩 가지는 정기총회의 이야기도. 행복한 나날을 보내던 소년은 여름방학에 할머니와 영국 남부 해변 도시로 여행을 떠난다. 그리고 묵고 있는 호텔에서 마녀들이 정기총회를 하고 있다는 사실을 알게 된다. 여왕 마녀가 사람을 딱 26초 만에 생쥐로 만들어 버리는 마법의 약을 가지고 와서 영국의 마녀들을 독려하고 있는 현장을 목격하나, 마녀들에게 발각되어 생쥐로 변한다. 소년은 생쥐가 된 것에 굴하지 않고 여왕 마녀가 자기 방에 숨겨 두었던 마법의 약을 훔쳐내서 마녀들이 먹는 음식에 약을 넣는다. 마녀들은 생쥐로 변하고 소년과 할머니는 유유히 호텔을 빠져나온다. 그리고 앞으로 전 세계에 퍼져 있는 마녀들을 하나하나 생쥐로 만들어 버리려는 원대한 계획을 짠다.