“나한테 할 말이 있는 모양이군, 아야노코지. 일부러 은밀히 자리까지 만들고…… 상당히 중요한 이야기인 모양이다만, 무슨 용건이냐.”
학교 측의 개입이 있었지만, 1학년 최종시험을 퇴학자 없이 극복한 C반은 올해의 마지막 행사인 졸업식을 맞이한다. 오빠와 만날 마지막 기회에 각오를 굳힌 호리키타에게 어드바이스를 해주면서 아야노코지는 츠키시로 이사장 대리에게 맞서기 위해 움직이기 시작한다. 시스템은 시스템으로 대응해야 하는 법. 사카야나기 이사장에게 연락해 1학년 A반 담임인 마시마, 챠바시라와 접촉, 교섭을 시도한다. 한편 반에서는 아야노코지의 본성을 의심하는 사람이 나타난다. 호기심과 원망을 품고 아야노코지의 뒤를 추적하기 시작하는 1학년 C반 마츠시타 치아키.
1년이란 시간은 학생들의 관계를 크게 바꿔 놓기 충분한 시간이었으니──. 새로운 학원묵시록, 1학년 편 완결!